教堂的另外一个重点是彩色玻璃，在教堂内的彩色玻璃都非常特别，用玻璃制作图像台凸显出圣经里的人物或是故事，如为基督教徒会被这里的彩色玻璃所吸引，在教堂内部总共有56个玻璃窗，31个圆形的玫瑰图案以及25个彩色幅彩色玻璃窗的精美图案，但是在这56个玻璃窗只有4个是最完整无瑕的，其它的玻璃窗都是在1949-1951由当地主教的居民进行一些整修，而这些彩色玻璃窗都是由法国沙特尔省的LorinFirm所制造。

这种神秘体验的就是那些细而长，嵌满彩色玻璃，幽暗而神秘的哥特式彩色玻璃花窗——哥特式建筑的显著装饰特色之一。而米兰大教堂的玻璃窗可能是全世界最大的，高约20米，共有24扇，主要以耶稣故事作为主题，正中的太阳光彩图案寓意正义和仁爱，这些彩色玻璃没有在长达500多年前的风风雨雨中损毁，至今仍光彩夺目
哥特式教堂设计的两种最常见的彩色玻璃窗，自然是高大的矛形柳叶窗和圆形玫瑰花窗，玫瑰花窗一词大约是在17世纪发明的，因为这种当窗户是圆形的，其层状辐射板的外观类似于开放的玫瑰花，在赋予这些窗户以此称号之前，它们被称为轮形窗
彩色玻璃爱德华大厦逐渐取消了门廊和弯曲的阳光房走廊，并增加了侧廊窗户的面积，直到整个教堂采用了大规模的一排窗户。这些窗户又高又大，几乎承担了墙的功能。并利用阿拉伯国家的彩色玻璃工艺，创作出丰富多彩的宗教故事，起到了向文盲传播教义的作用，也有很高的艺术成就。彩色玻璃主要是红色和蓝色。蓝色象征天国，红色象征基督的宝血。窗棂的施工工艺非常精细复杂。细长的窗称为“柳窗”，圆的称为“玫瑰窗”。彩色玻璃在教堂内部营造出神秘而壮丽的景象，一改罗马式建筑因光线不足而沉闷沉闷的景象，表达了人们内心对天堂的向往。
107,707块彩色玻璃拼成了一面巨大的玻璃幕墙，光线透过蓝色的玻璃，点亮了整个空间。这也是参考了古代基督教教堂的设计。